但后来又考虑到作为首都，不战而拱手相让，实在无法向国人交待。于是重新做出决定，以15个师的兵力守南京；命令从前线撤回的部队中调5个军至南京外围，组织防御。日本方面，早在11月7日已成立华中方面军，由松井石根大将为司令官，辖上海派遣军和第10军。11月24日，松井石根制定了进攻南京的作战计划，得到日本御前会议批准。12月1日，日大本营下达《大陆命第8号》命令，决定在海军协同下，以6个师团兵力进攻南京。12月5日，日军进逼南京城郊，8日南京被围，部分外围阵地亦被突破。守军退守城廓。
这时，南京城郊已炮火冲天，硝烟弥漫。12月10日，日军以五个师团的兵力，采用迂回包围、分进合击、诸兵种协同作战的战术向南京发起了总攻。同时以少数兵力迅速渡过长江，迂回浦口，堵住了中国军队的退路。日军先从光华门、中山门、中华门突入城内。守城部队在雨花台、紫金山、幕府山等地顽强抗击日军。国民党军队虽然有11万兵力，但经上海战役，损失惨重，士气低落。如第36师退到南京时，只剩下3000人，后补充了4000新兵，多数未经训练，有的还未摸过枪。这样的部队，战斗力是可想而知的。指挥官唐生智是为了恢复自己的势力才要求保卫南京的。他表面上慷慨陈词，表示要与南京共存亡，但他消极防御，再加所属部队各有背景，指挥失灵。11日晚，蒋介石电令：“如情势不能久待时，可相机撤退。”在日军逼进城下时，唐生智做了撤退安排，但自己却先过江逃命。其他不少将官为了保存实力，不听指挥，在危急之时，大发国难财或争相逃命。除66军、63军遵命突围外，其余皆拥挤到下关，争相渡江。日军猛攻雨花台时，守卫中华门的第88师师长孙元良竟擅自率部跑往下关准备渡江逃命。当日军攻入城时，他因渡江未成，又换上便衣，伪装成难民，躲藏了一个月才混出南京。
南京周围的陆路均被日军截断，十来万军队和无数民众便蜂涌而至，挤在长江渡口。由于船少，再加上人心恐慌，互不相让，秩序大乱。军官和士兵们又随意开枪，气氛搞得更加紧张。各部队之间，为争一条船，不惜开枪火併。有的船行至中游，还被岸上部队开枪开炮击中，致使不少人掉入水中淹死，不少船沉入水中。浩荡长江上漂满了抗战士兵和无辜民众的尸体。岸上老人、妇女、儿童和还在流血的伤兵哭天喊地，惨不忍睹。
12月12日，守军的主阵地雨花台、紫金山等先后陷于敌手。国军第88师262旅旅长朱赤、364旅旅长高致嵩在战斗中壮烈殉国。13日，南京城陷落，南京战役结束。
1937年日军占领南京，在城内耀武扬威。
蒋介石曾使用多种手段，希望南京成为蒋家王朝的永久之地。所以当南京陷落的消息送到他那里时，他顿感六朝旧事随流水，金陵帝业成泡影。触景伤情，竟呜呜痛哭起来。
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18.决胜台儿庄(2)
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日军经过上海和南京两战，终于如愿以偿地占领了中国的京城。这对日军来说，意义匪浅。胜利的疯狂和武士的凶残，使进入“江南佳丽地”的日军兽性大发，再加上日军指挥官下令“解散军纪三天”，以示庆祝，一场空前的大浩劫便在南京发生了。日军杀人、放火、强奸妇女、恣意横行，无所不为。一夜之间南京就变成了“腐肉白骨满疆场”，“活人不及死人香”的人间地狱。
日军进城后，大批中国军队未来得及撤退，有些成为俘虏，有些官兵脱掉军衣，加入难民行列。这些活着的中国官兵对日军来说无疑是最大的威胁，所以成了首先被屠杀的对象。
当年日军随军记者小俣行男于1982年出版了一本叫《侵略——中国随军记者的证言》的书，书中写道：“俘虏有10万之多……被日本兵带到长江岸边的下关排队斩首。第一排杀完，让第二排把尸体抛入江中，然后排成一行，同样杀头。就这样从早晨杀到晚上，一天不停地杀也只杀了2000人。第二天杀累了，就抬出机关枪，摆两挺重机枪组成交叉火力，让俘虏面向江岸排成一列，嗒嗒……扣动了重机枪的扳机，俘虏们一齐往江里逃，然而没有一个人能挣扎着泅到对岸。”日本历史学家色川大吉写的《昭和五十年史话》一书记载：中国战俘“集中到市内广场上，用电线捆绑成数行押到江岸的围墙里。然后拉出一队人，把这些俘虏作拼刺刀的练习靶子。未刺死的人，浇上煤油点着，看他们在火中挣扎乱蹦，活活烧死。军官们还用日本刀，以把俘虏劈成两半做比赛。因为要杀的人太多，即命令俘虏们自己挖一个大坑，叫他们排在坑边，挨个作为靶子射击，使他们掉入坑内。有的为了节省子弹，用刺刀扎死后，用土埋上。有一伙人，手和脚被捆绑着，头朝下被倒埋在土里。被砍了头抛进河里或用机枪扫射倒在江里的人，难以计数。”更为惨者，日军把战俘手足紧缚，摆在地上，让军用卡车来回辗，直至把战俘们辗压成肉饼为止。
日军还在难民区逐户搜查，凡被怀疑为军人者，一律五花大绑抓起来。每天二三十辆大卡车来回押运，总计不少于四五万人被运往雨花台屠杀。日军共屠杀手无寸铁的战俘达十万之多。
日军还屠杀了无数无辜的百姓，凡留在市内没有住进“难民区”的百姓，都被日军一扫而光。1937年12月27日，日本报纸《东京日日新闻》以《紫金山下》为题，报道了最先攻入南京的谷寿夫第6师团两个准尉比赛杀人的情景，并刊登了这两个魔头手持屠刀和人头的照片。这两个准尉一个叫野田，一个叫宫冈。两人约定，看谁先杀死100个中国人。他们见人就杀，手里的刀都砍钝了。
大屠杀中，日本兵对砍头和枪毙感到不过瘾，就耍出各种惨无人道的花样来。如将人下半身埋入土中，令狼狗扑食，称做“狗吃刑”；把人吊起来，用铁钩钩着舌头，叫做“钓鲤鱼”；将铁床架在火上，把人捆住放在铁床上，名曰“烤全猪”……这样的屠杀整整持续了两个星期，把一座六朝古都杀成了尸山血海，总计杀了30—40万中国同胞。
日军不仅杀人，而且放火，连耗资300万元修建得金碧辉煌的交通大厦也被烧成一堆瓦砾。日军从点第一根火柴起，大火历时三个月。全城烈焰冲天，浓烟弥漫，变成一片火海，空气严重污染，令人窒息，到处都是烟灰。在难民区里，伫立楼顶远望大火，成为难民每日的课程。
三个月后，十里红尘、万商云集的东南天堂便变成了一片废墟。
尤其令人发指的是日军恣意强奸、残杀无辜妇女。
日军在南京强奸妇女之多、情状之惨，世所罕见。有人把南京屠杀事件称为“南京强奸事件”，被奸淫的妇女无法计算。
有人把南京大屠杀与第二次世界大战中德军在奥斯威辛对犹太人的大屠杀相比。认为奥斯威辛大屠杀是根据纳粹种族歧视政策和希特勒政府的直接命令，有计划、有步骤地进行的，而且是用毒气在几分几秒内杀死的一种单纯性屠杀。而南京大屠杀则是在日军长官放纵下，不分青红皂白、带着严重污辱性、虐待性的大屠杀，其方式方法，无奇不有；其暴虐程度，无以复加；连当时日本的盟友德国政府驻华代表也认为：“犯罪的不是这个日本人或那个日本人，而是整个的日本皇军……它是一部正在开动的野兽机器。”
日军在南京写下了一部罪恶史，中华民族则留下了一部不堪回首的屈辱史。
南京陷落后，中日战争的军事形势发生了重大变化。中日双方为了适应新的形势，重新调整了战略部署，策划下一步的军事行动。此后，主要战场转移到以徐州为中心的黄淮地区。
南京沦陷，日本政府气焰更为嚣张，态度更加强硬，公然宣布：“今后不以国民政府为对手，而期望真正能与帝国合作的中国新政权的建立与发展。”并大力扶植汪精卫等亲日分子。同时，追加了临时军费，通过了《国家总动员法》，组建新的师团，整顿现有师团，对侵华日军的作战方针、部署也重新做了调整。至3月底，在中国的日军除关东军外，陆军在华兵力为：华北方面军辖两个军8个师团、3个混成旅团及中国驻屯兵团（旅团级）；华中派遣军（原华中方面军撤销）辖6个师团；驻蒙古兵团辖一个师团、一个独混旅团。日本最高统帅部大本营也正式设立。并确定其对华军事战略意图是：占领徐州，打通津浦路，使南北战场的日军连成一片，然后夺占华中核心武汉。
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18.决胜台儿庄(3)
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国民党方面，为确保华中，于1938年1月重新划分了战区：以平汉线及陇海线中段为第1战区；以山西为第2战区；以浙赣沿线为第3战区；以两广为第4战区；以津浦线方面为第5战区；以甘、宁、青为第8战区。在武汉设立卫戍总司令部，另有西安行营、闽绥靖公署及军委直辖兵团。调整后，国民党军队在武汉以及以徐州为中心的苏鲁豫皖边区的力量得到了加强。国民党的战略意图是：以巩固武汉为中心，在沿长江方向建立防御态势的同时，以第1和第5战区的兵力，北保道清铁路，东保津浦铁路。尤其要在津浦路方面牵制和吸引日军主力，以迟滞日军溯长江西上夺取武汉。