乃自近岁以来，士习浇漓，官方刓缺，钻窥隙窦，巧为躐取之媒，鼓煽朋俦，公肆挤排之术，诋老成廉退为无用，谓谗佞便捷为有才。爱恶横生，恩仇交错，遂使朝廷威福之柄，徒为人臣酬报之资，四维几至于不振；九德何由而咸事。朕初承大统，深烛弊源，亟欲大事芟除，用以廓清氛浊，但念临御兹始，解泽方覃，铦锄或及于芝兰，密网恐惊乎鸾凤，是用去其太甚，薄示戒惩，余皆曲赐矜原，与之更始。《书》不云乎？“无偏无党，王道荡荡，无党无偏，王道平平。”朕方嘉与臣民，会归皇极之路，尔诸臣亦宜痛湔宿垢，共襄王道之成。自今以后，其尚精白乃心，恪恭乃职，毋怀私以罔上，毋持禄以养交，毋依阿淟涊以随时，毋噂沓翕訾以乱政。任辅粥者当协恭和衷，毋昵比于淫朋，以塞公正之路。典铨衡者当虚心鉴物，毋任情于好恶，以开邪枉之门。有官守者，或内或外，各宜分猷念以济艰难。有言责者，公是公非，各宜奋谠直以资听纳。大臣当崇养德望，有正色立朝之风；小臣当砥砺廉隅，有退食自公之节。庶几朝清政肃，道泰时康，用臻师师济济之休，归于荡荡平平之域；尔等亦皆垂功名于竹帛，绵禄荫于子孙，顾不美钦？若或沈溺故常，坚守旧辙，以朝廷为必可背，以法纪为必可干，则我祖宗宪典甚严，朕不敢赦。百尔有位，宜悉朕怀，钦哉故谕！（见奏疏二《戒谕群臣疏》）
在举行察典的当中，居正对于“以言干政”的人，确实去了几个，他自己也说“芝兰当路，不得不锄”。但是在执行的时候，居正自有相当的分寸，所以在慰留张佳胤的书中，引用韩愈“蔡人即吾人”一句；后来《与南台长书》（书牍六）又言“或曰，‘某为新郑（高拱）之党，不宜留之。’或日，‘某为新郑所进，不宜用之。’纷纷借借，日引月长，甚无谓也！”他在当时，曾把自已底主张和杨博说起；后来又和李渐庵说：
天生一世之才，自足一世之用，顾铨衡者，每杂之以私意，持之以偏见，遂致品流混杂，措置违宜，乃委咎云“乏才”，误矣！仆之浅薄，虽不足以与知人，然一念为国之公，实无所作。故自当事以来，谆谆以此意告于铨曹，无问是谁亲故乡党，无计从来所作管过，但能办国家事、有礼于君者，即举而录之。用三驱以显比，悬一镜以虚照，故一时群才，咸有帝臣之愿。今部署已定，以后仍当综核名实，一一而吹之。第恐人乐混同，必有以为刻核者。然非是无以考成绩而亮天工也。（书牍五《答冏卿李渐庵论用人才》）
居正进用人才，要求“能办国家事，有礼于君者”，这是为的国家，但是何尝不是为的士大夫。但是从那一群不能办事、履进履退、坐食养望的人看来，便是刚很刻核。直到万历四年，居正已经当国五年，大众还不能体谅，居正曾说：
仆一念为国家，为士大夫之心，自省脱诚专一，其作用处，或有不合于流俗者，要之欲成吾为国家为士大夫之心耳。仆尝有言，“使吾为刽子手，吾亦不离法场而证菩提。”又一偈云，“高冈虎方怒，深林蟒正嗅，世无迷路客，终是不伤人。”丈深于佛学者，岂不知此机乎？（书牍八《答奉常陆五台论治体用刚》）
尽管隆庆六年的士大夫不能体谅，万历四年的士大夫不能体谅，甚至永远不能体谅，但是居正抱定决心，为国家担负这一个重大的责任。他底待人是“旁求贤哲，共熙帝载”，（书牍四《答杜晴江》）他底自称是“别无他长，但性耐烦耳”。（同卷《答郧阳巡抚凌洋山》）忍耐，忍耐！这是他从徐阶那里学到的秘密：徐阶忍耐着应付貌合神离的同僚，居正忍耐着应付千头万绪的政局。七月间举行京察，上仁圣皇太后、慈圣皇太后尊号。九月葬穆宗，居正又赶到大峪岭，“周视山川形势”。（见奏疏二《山陵礼成奉慰疏》）烦真是烦极了，居正还忍耐着。
居正准备实行大政，一般大臣也期待他实行大政。他们读过圣贤之书，希望居正做孔子、孟子，他们要行王政。他们还记得建文帝在位的时候，烽火已经照遍南、北二京，皇帝还和方孝孺这一群人讨论周礼应门、皋门底制度：固然那一次还是失败了，但是现在是太平时代，为什么不可以再试一下？然而居正底行为又使得他们失望了，他们甚至公然说道：
我们以为张公在朝，当行帝王之道。现在看他底议论，不过是富国强兵，仅仅这样，真真使人失望。
居正听了以后，只是一笑道：“这是太客气了，我怎样能使国富兵强呢？”
到万历七年，在这方面，有了一些把握，居正才昌言道：
孔子论政，开口便说“足食”、“足兵”。舜令十二牧曰，“食哉维时。”周公立政：“其克诘尔戎兵！”何尝不欲国之富且强哉？后世学术不明，高谈无实，剽窃仁义，谓之“王道”，才涉富强，便云“霸术”。不知王霸之辨，义理之间，在心不在迹，奚必仁义之为王，富强之为霸也？仆自秉政以来，除密勿敷陈，培养冲德外，其播之命令者，实不外此二事。今已七八年矣，而闾里愁叹之声，尚犹未息，仓卒意外之变，尚或难支，焉在其为富且强哉！（书牍十一《答福建巡抚耿楚侗谈王霸之辨》）
居正对于国事的认识，是富国强兵，但是这一群人要行王政，要谈尧舜，谈周孔。居正便提出尧、舜、周、孔底议论和他们辨难。他们有时谈到宋朝周、程、张、朱底主张，居正便不客气地认为“皆宋时奸臣卖国之余习，老儒臭腐之余谈”。但是居正是政治家，他没有公开喊出，只是说，“这是太客气了，我怎样能使国富兵强呢？”
事实上，居正还是感觉很大的困难。难在哪里？难在嘉靖、隆庆以来，积弱之势已成。世宗时代的萎靡不振，不要管了；穆宗时代，又因为内阁中的斗争，几个名臣底力量，都浪费在正负相消的局面中。居正说过；
天下之势最患于成，成则未可以骤反。治之势成，欲变而之乱难；乱之势成，欲变而之治难。（文集十一《杂著》）
国势强则动罔不吉，国势弱则动罔不害。譬人元气充实，年力少壮，间有疾病，旋治旋愈，汤剂针贬，咸得收功：元气衰弱，年力衰惫，一有病患，补东则耗西，实上则虚下，虽有扁卢，无可奈何！（同上）
幸亏隆庆末年的积弱，还没有到不可救药的境界，这是一个关键，居正决不能放过。他正豫备实现自己底主张：“是以君子为国，务强其根本，振其纪纲，厚集而拊循之，勿使有衅，脱有不虞，乘其微细，急扑灭之，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。”（同上）
富国强兵，其实只是一件事：富国是中间的过程，强兵是终极的目标；要有良好的经济基础，才谈得上国防建设。居正当国之初，在军事方面，广东广西的僮人，福建的人民，不断起义，情势固然相当严重，但是这些无关国防。重点只在北边，这是对于鞑靼的防御。隆庆五年，俺答封贡底事情已经确定了，接后，吉能、切尽台吉这一群西部首领底贡市又告成功。北边是安静了，但是居正始终只认为这是停战，不是和平。他永远主张“外示羁縻，内修战守”。他认为对于鞑靼的方略，是“犬摇尾乞怜，固可投之以骨，如其狂噬，则大杖加焉。”（书牍三《答吴环洲策黄酋》）大杖始终要握在手里。他底计划，是足食足兵。他和王崇古也说过：
天生五材，民并用之，谁能去兵？孔子称必不得已而去。今之时，非有甚不得已也，乃不务为强兵而务为去兵，则唐季世是矣。然足食乃足兵之本，如欲足食，则舍屯种莫路焉。诚使边政之地，万亩皆兴．三时不害，但令野无旷土，毋与小民争利，则远方失业之人，皆襁负而至，家自为战，人自为守，不求兵而兵自足矣。此言似迂，然在往时诚不暇，今则其时矣，故愿公留意焉。（书牍三《答王鉴川言边屯》）
这还是隆庆五年的事。居正对于北边的国防，永远没有松手。但是他对于一般人谈守边设险的计划，总还不能放心。隆庆初年，有人提议沿边种树，居正就说“种树设险，固是守边要务，但如议者所言，决无成效。”当时大家不以为然，但是尽管种了多年的树，一株也没有长成。居正只有切实地说：
天下事岂有不从实干而能有济者哉！（同卷《答凌洋山言边地种树设险》）
这也是隆庆五年的话。就在这一年，居正说过：
来岁拟遣大臣阅视，大行赏罚。如犹玩愒难振，则仆自请如先朝故事，杖钺巡边。人臣受国厚恩，坐享利禄，不思一报，非义也。（同上）
隆庆六年十月，一切烦杂的事，都有了头绪，居正实行派遣大臣巡边的计划：第一，兵部左侍郎汪道昆巡视蓟、辽；第二，兵部右侍郎吴百朋巡视宣、大、山西三镇；第三，兵部侍郎协理京营戎政王遴巡视陕西四镇。这三位都是嘉靖二十六年进士，恰恰是居正底同年。这一次阅视的成绩，并不十分完满，在居正和百朋、王进的私交上，更发生了不小的裂痕。
汪道昆到蓟、辽去，事情很简单。临去的时候，居正给戚继光一封信：
汪司马知足下素深，相待之礼，必从优厚，顷已面嘱之，然渠亦自不俟嘱也。但足下自处，又且务崇谦抑，毋自启侮。昔李愬属櫜键谒裴度于道，唐史美之。盖重命使，所以尊朝廷也。司马此行，于蓟甚有关系，幸留意焉。（书牍四《与戚继光》）
道昆去后，一切很顺利；事毕上疏，议额饷，议增设墩台，都是些例行公事。